По сумме причин. Слово "ниндзя" вообще придумали для театра кабуки. Так что "деревня клана ниндзя" это деревня, простите, кого?
Разведчик именовался "синоби" . Синоби это тот кто в данный момент на службе, а не тот кто по жизни тырить умеет.
Поэтому постановка вопроса немного неверная. Ниндзя = разведчик. И к ним совершенно спокойно можно приложить структуру и иерархию абсолютно любой армии.
Были разведчики среди высшего командного состава? -Да
Среди дипломатов, послов? - да
Среди низшего командного состава? - были
Специально подготавливаемые диверсанты? -разумеется, везде были.
Шпионы среди крестьян? - тоже были
Среди детей? - были во все времена, тем более что чем дальше в дремучесть истории, тем менее трепетно к детям относились.